UIWebViewがローカルのhtmlを読み込む形のアプリケーションを作成する際の話です。
通常のWebサイトと同じように、Javascriptやcss、画像などをそれぞれまとめてフォルダに入れると思います。
Xcodeでは、通常だとリソースの参照をグループ化できますが、htmlではリソースをコピーする際に、実際にフォルダを作ってその中に画像等をコピーさせる必要があります。
それをするには、リソースを追加する際の以下のダイアログで、
Create folder references for any added folders
を選択します。
これで、ビルド時にフォルダが作成され、フォルダ構成を維持したままリソースがコピーされるようになります。